Comme la plupart des budo modernes, il est l'héritier des arts martiaux développés durant les périodes de guerre, qui furent modifiés par les périodes de paix (ère Tokugawa) et la disparition de la classe des samouraïs.
Les Débuts de l'Aikido au Japon
Après avoir étudié depuis sa jeunesse de nombreux arts martiaux et après avoir fait plusieurs rencontres marquantes, Morihei Ueshiba, fréquemment surnommé O sensei (littéralement « vénérable professeur ») par les pratiquants en raison de la maîtrise qu'il avait des arts martiaux, orienta sa pratique vers un art fait ni pour combattre, ni pour vaincre, mais pour supprimer la notion d’ennemi.
Le premier dojo fondé par Maître Ueshiba en 1927 est le kobukan, qui se nomme maintenant l'aïkikai hombu dōjō, et se trouve à Tōkyō dans le quartier de Shinjuku. Il y enseignait la majeure partie du curriculum du daitō ryū jūjutsu tel que lui avait transmis Sōkaku Takeda et des techniques de kenjutsu et de jōjutsu adaptées à son art qui se voulait plus "pacifique". Il nomma successivement son style daïto ryu aïki jutsu (en 1922), ueshiba ryu jujutsu (jusqu'en 1924), ueshiba ryu (à partir de 1925-26), aïki budo (à partir de 1927), puis aussi kobu budo et aïkinomichi.
Durant les années 30, la popularité et la réputation de Morihei Ueshiba ne cessa de grandir, ce qui amena plusieurs haut gradés d'autres écoles de budō à joindre l'organisation de Morihei Ueshiba (en particulier des élèves de Jigoro Kano). Ueshiba fut aussi chargé par le gouvernement de la formation martiale d'officiers japonais. Très proche de la secte non-violente et utopiste Ōmoto-kyō de Deguchi Onisaburo, il s'en éloigna après son interdiction en 1935.
L'aïkido que pratiquait à cette époque le fondateur était encore très proche du daito ryu. Il s'agissait là d'un aïkido plus ferme, voire plus violent que celui qu'il développa par la suite. Nombre de ses élèves de l'époque perpétuèrent ce style aujourd'hui connu sous le nom d'Aïkibudo. Notons aussi au passage le style Yoshinkan initié par Gozo Shioda qui étudia également sous la direction du fondateur à cette époque. Ce style est celui utilisé par la police japonaise. A ce propos on remarque que Ueshiba ne sembla pas s'inquiéter que ses élèves fondent d'autres écoles d'art martial.
En 1940, O sensei eut une seconde vision : Oubliant toutes les techniques qu'il avait apprises jusque-là, il put les voir sous un autre angle, non plus comme de simples moyens pour projeter ou immobiliser un adversaire mais comme un véhicule pour l'épanouissement de la vie, de la connaissance, de la vertu et du bon sens. C'est à ce moment que l'aïkido fluide et sans obstructions des dernières années de O sensei est né.
En 1942, Morihei Ueshiba décida dorénavant d'utiliser le terme aïkidō pour son art. Il fonda la même année un dōjō à Iwama et un temple dédié à l'aïkido (reconstruit au début des années 1960).
L'Aikido d'après-guerre
La fin de la Seconde Guerre mondiale vit un hiatus dans l'enseignement de tous les arts martiaux japonais et l'aïkido fut le premier, en 1952, à pouvoir réouvrir les portes de ses dojos. Ayant toujours vu son art comme un cadeau à l'humanité, Morihei Ueshiba fit tout ce qui était en son pouvoir, lui qui ne connaissait que le japonais, pour promouvoir l'aïkido au niveau international en envoyant des émissaires dans plusieurs pays européens ainsi qu'en Amérique et en acceptant toujours les étrangers qui voulaient pratiquer au Japon (et qui avaient la détermination requise).
C'est aussi dans cette période d'après-guerre qu'O sensei commença à donner des démonstrations publiques de son art, ce qui contribua à en augmenter la visibilité auprès du public japonais.
L'Aikido contemporain
La forme la plus répandue doit beaucoup au fils du créateur de l'aïkido Kisshōmaru Ueshiba, le premier dōshu (référent mondial pour la pratique, littéralement « maître de la voie » ou « guide du groupe de ceux qui suivent la voie de l'aïkido ») et à Koichi Tohei. En effet, l'aïkido était essentiellement enseigné sous la forme d'une expérience, par la pratique. Cette manière d'enseigner, typique des écoles traditionnelles (ryū), était peu adaptée à la mentalité moderne et à la volonté de diffusion internationale. Kisshōmaru fit donc un grand travail de « verbalisation », en mettant en place une nomenclature des techniques et en mettant en avant la transmission verbale en plus de la démonstration par l'exemple. Ce souci de pédagogie l'amena également à revoir l'exécution de certaines techniques, les rendants plus accessibles et adaptées aux aspirations modernes.
Le fondateur de l'aïkido ne s'est que peu préoccupé de la transmission de son art, se retirant dès la fin de la guerre dans le petit village d'Iwama, ou vistant les dojos de ses anciens élèves. Ce sont essentiellement à ses élèves les plus avancés de l'aïkikai qu'incombe la responsabilité de la diffusion internationale de l'aïkido. Fort peu de ces derniers restèrent longtemps étudier au côté du fondateur dans sa retraite. Il en résulte aujourd'hui une multitude de styles d'aïkido, chacun des élèves du fondateur ayant mis un apport personnel dans la pratique qu'il a par la suite transmis. Cette variété de style est à l'origine de nombreux conflits qui perdurent encore aujourd'hui, mais est aussi la preuve de la vitalité de cet art martial.
Enfin, on peut facilement avancer que chaque pratiquant, par sa technique, sa constitution physique et son attitude, pratique un aïki différent et que toutes ces formes se retrouvent dans le principe, dans la « voie » de l'aïki, l'aïkido. Ueshiba disait Il n’y a ni forme, ni style en Aïkido. Son mouvement est celui de la nature, dont le secret est profond et infini.